Colega Wagner Francesco, boa tarde! Primeiramente, sinto-me honrada em deflagar este relevante debate com o senhor, mas, e mais uma vez, com imenso respeito a seus posicionamentos jurídicos, acresço o que segue:
1- Ao que me parece, e falo isso pelo que já li ou pesquisei, haja vista não ter acesso aos autos, o caso em tela encontra-se em fase investigatória. Sendo assim, e, considerando o quanto dito pelo CPP, bem como a melhor doutrina processualista penal, incumbe, em regra, ao delegado de polícia, através de representação, o requerimento de medidas cautelares. Procedimento normal nestes casos, é que o juiz, ante a referida representação, dê vistas ao MP, antes de decidir, inobstante existam entendimentos no sentido da desnecessidade destas vistas, mas não é o que prevalece, sobretudo por ser o MP o fiscal da ordem jurídica e defensor do interesse público. No caso sob análise, a representação apresentada pela autoridade policial, foi endossada por parecer do "parquet", abreviando, assim, a atuação judicial;
2- O art. 11, § 3º, citado pelo nobre colega, não pode nem deve ser interpretado isoladamente. Perceba que ele integra a seção II da referida lei, intitulada"Da Proteção aos Registros, aos Dados Pessoais e às Comunicações Privadas", e tal seção, se inicia com o art. 10 que preconiza:
Art. 10. A guarda e a disponibilização dos registros de conexão e de acesso a aplicações de internet de que trata esta Lei, bem como de dados pessoais e do conteúdo de comunicações privadas, devem atender à preservação da intimidade, da vida privada, da honra e da imagem das partes direta ou indiretamente envolvidas.
E mais: veja o que dizem os parágrafos 1º e 2º deste dispositivo:
§ 1o O provedor responsável pela guarda somente será obrigado a disponibilizar os registros mencionados no caput, de forma autônoma ou associados a dados pessoais ou a outras informações que possam contribuir para a identificação do usuário ou do terminal, mediante ordem judicial, na forma do disposto na Seção IV deste Capítulo, respeitado o disposto no art. 7o.
§ 2o O conteúdo das comunicações privadas somente poderá ser disponibilizado mediante ordem judicial, nas hipóteses e na forma que a lei estabelecer, respeitado o disposto nos incisos II e III do art. 7o.

Apenas para completar, o art. 7º, mencionado nos artigos acima,trata dos direitos dos usuários dos serviços de internet e, a despeito de assegurar os sigilos devidos, resguarda a possibilidade de quebra por ordem judicial. São clássicos casos, por evidente, de reserva de jurisdição.

Dessarte, existe a obrigação de a empresa informar tais dados.

3- Ainda, segundo a mesma lei, o art. 12, III dispõe:
Art. 12. Sem prejuízo das demais sanções cíveis, criminais ou administrativas, as infrações às normas previstas nos arts. 10 e 11 ficam sujeitas, conforme o caso, às seguintes sanções, aplicadas de forma isolada ou cumulativa:
(...)
III - suspensão temporária das atividades que envolvam os atos previstos no art. 11;
E quais são estes atos previstos no art. 11? Operações de coleta, armazenamento, guarda e tratamento de registros, de dados pessoais ou de comunicações por provedores de conexão e de aplicações de internet.

4-Há, ainda, que se registrar, ilustre colega, que, também no caso em tela, o objeto da investigação é uma suposta organização criminosa, instituto que encontra seu amparo legal na lei de nº 12.850/2013. Esta, em seu art. 2º, par.1º aduz:

Art. 2º. Promover, constituir, financiar ou integrar, pessoalmente ou por interposta pessoa, organização criminosa:
Pena - reclusão, de 3 (três) a 8 (oito) anos, e multa, sem prejuízo das penas correspondentes às demais infrações penais praticadas.
§ 1o Nas mesmas penas incorre quem impede ou, de qualquer forma, embaraça a investigação de infração penal que envolva organização criminosa.

A polícia Federal afirmou que o não fornecimento dos dados solicitados obstrui o andamento das investigações. Sendo assim, há, até mesmo, a prática de crime.

Por fim, colega, de fato, não posso afirmar se foram juntados, pelo Polícia Federal, documentos que atestem a possibilidade de a empresa fornecer os dados solicitados, como disse anteriormente, não tive acesso aos autos e nem poderia, já que as investigações estão correndo em sigilo, conforme autoriza o art. 23 da lei nº 12.850/2013.

Inobstante ser este meu posicionamento, colega, ratifico todo o meu respeito às suas importantes considerações e, ademais, convenhamos que, de fato, como o marco civil é lei que precisa de regulamentação- que ainda não ocorreu- é crível a possibilidade das mais variadas interpretações a respeito do tema.

Colega, com toda vênia, permita-me discordar de seu comentário. A medida cautelar foi concedida pelo magistrado, a pedido e não de ofício, afinal, sabemos que em nosso sistema judicante, o magistrado somente atua de ofício em casos excepcionais. Em verdade, a cautelar foi requerida pela Polícia Federal, através do Delegado, e, como reuniu os requisitos necessários, foi concedida pelo juiz, aplicando a Lei nº 12.965/2014 - Marco Civil da Internet e, subsidiariamente, o próprio CPP(Código de Processo Penal). Há de se registrar, ainda, que este caso está sob investigação da PF desde 2013 e com a atuação, por evidente, também do Ministério Público. Se qualquer abuso houvesse, certamente o parquet, como fiscal do ordenamento jurídico que é, teria se manifestado. Ademais disso, a PF atua com serviço de inteligência, existem peritos na área cibernética que integram esta instituição, de modo que se, de fato, a prova (quebra do sigilo) se mostrasse impossível de ser produzida, as instituições certamente não estariam insistindo. Não que inexistam, no país, magistrados despreparados e que, de fato, atue, muitas vezes, sem observância dos limites que as leis lhe impõem, mas, em meu entendimento, não foi este o caso. Contrariamente, percebo que, in casu, o juiz atuou nos estritos limites do ordenamento jurídico pátrio.

Colega, bom dia! A despeito de seu excelente e muito bem fundamentado texto, permita-me, com toda a vênia, acrescer alguns pontos:
1- Prima facie, impõe salientar que, considerando a hermenêutica constitucional, a Constituição Federal deve ser interpretada como um todo, em sua globalidade (princípio da Unidade) e, buscando a finalidade da norma, o escopo almejado pelo legislador quando da edição da norma (elemento teleológico). Assim, é sabido que a atual constituição cidadã fora, toda ela, elaborada com a real finalidade de afastar qualquer possibilidade ou tentativa de retorno à ditadura, e, exatamente por isso, muniu o poder legislativo de significativas atribuições, entre as quais a de, tipicamente, fiscalizar o poder executivo e também e, atipicamente, julgar determinadas autoridades quando denunciadas por fatos definidos como de crime de responsabilidade (Competência do Senado);
2- Imperioso, ainda, salientar que é também princípio basilar dessa mesma Constituição e da própria organização federativa brasileira, a separação de poderes, idealizado por Aristóteles e aprimorado por Montesquieu, que desenvolveu a teoria dos freios e contrapesos. Hodiernamente, inobstante a teoria montesquiana tenha sido adotada na maior parte dos Estados modernos, foi abrandada. Isso porque, ante as realidades sociais e históricas passou-se a se permitir uma maior interpenetração entre os poderes, atenuando, assim, aquela separação pura e absoluta. Foi assim, então, que passamos a ter funções típicas e atípicas para cada um dos poderes, e, evidente, também para o poder legislativo, como dito acima;
3- Este princípio, que é considerado pela CF pátria uma cláusula pétrea (art. 60, § 4º, III), preconiza então que cada um dos poderes tem sua atribuição típica (aquela inerente, ínsita à sua natureza) e também atípica (aquela estranha à sua natureza, porque, em regra, pertence a outro poder). Todavia, tanto uma quanto outra, está expressamente prevista na CF e, apenas por isso, não viola a separação de poderes;
4- No exercício dessa função atípica é que cabe ao Senado Federal processar e julgar algumas autoridades, entre as quais o Presidente da República, quando acusadas de praticar crime de responsabilidade. Esta atribuição está minuciosamente prevista no art. 52, I da CF/88. E, nas palavras do professor Pedro Lenza “ o julgamento realizado pelo senado NÃO pode ser alterado pelo judiciário, sob pena de se ferir o princípio da separação de poderes. O Legislativo realiza julgamento de natureza POLÍTICA, levando em consideração critérios de conveniência e oportunidade”. Destarte, todo este procedimento possui natureza política, de modo que a atuação do Poder Judiciário pode, se não for para apenas garantir a observância dos princípios constitucionais (ampla defesa, contraditório, devido processo legal, isonomia, etc) configurar violação à separação de poderes;
5- A natureza jurídica da justa causa é profundamente controversa na doutrina brasileira. De fato, não diverge no que tange ao conceito: é o lastro probatório mínimo e firme indicativo da autoria e materialidade. Todavia, indago: A análise deste lastro probatório mínimo e firme não acaba por interferir, de certo modo, no mérito do julgamento? Em meu parco entendimento compreendo que sim;
6- Concluo, dessa forma, apenas aclarando o enredamento que envolve este tema e que está sendo enfrentada pelo Poder Judiciário. Este que, nesta realidade fática que se apresenta, encontra-se, de certo modo, atado, considerando, primeiramente, as determinações constitucionais, bem como a complexidade dos temas envolvidos, as divergências doutrinárias existentes e o ainda raso material que se tem sobre as inúmeras lacunas deixadas pelas leis relativas ao tema.